1、三纲一类的系统：
①藻状菌纲②子囊菌纲③担子菌纲④半知菌类
2、Ainsworth(1973)的系统：
真菌(菌物)界包括粘菌门和真菌门,其中真菌门包括5个亚门：①鞭毛菌亚门 ②接合菌亚门 ③子囊菌亚门 ④担子菌亚门 ⑤半知菌亚门。真菌5个亚门的主要特征：
3、Alexopoulus(1979)的系统：
①裸菌门 ②鞭毛菌门 ③无鞭毛菌门
4、《真菌词典》第9版(2001)分类系统,真菌分属三个界：
(1)原生动物界：①粘菌门②根肿菌门
(2)藻界：①丝壶菌门②网粘菌门③卵菌门
(3)真菌界：①壶菌门②接合菌门③子囊菌门④担子菌门
1、鞭毛菌亚门
(1)引起病害
根肿菌属引起十字花科蔬菜根肿病；腐霉属引起植物幼苗的根腐、猝倒以及果腐等；疫霉属 引起黄瓜疫病、番茄晚疫等；霜霉菌类可引起多种植物的霜霉病。
(2)病害特点
引起植物腐烂型症状,病部产生绵霉状物。引起植株局部褪绿坏死或畸形肿大的症状,在病部产生霜霉状物、白锈状物等病征。预防：百菌清、代森锰锌等。
(3)治疗用药
乙磷铝、甲霜灵、恶霉灵、霜霉威、霜脲腈、烯酰吗啉、银法利等。
2、接合菌亚门
(1)引起病害
根霉属可引起瓜果软腐病,无臭味。
(2)病害特点
该类真菌常引起多种植物果实、块根、球茎等的腐烂病状,在病部表面初期出现疏松灰白色,后转为灰黑色的毛霉状物。
(3)治疗用药
其用药与鞭毛菌用药相同。
3、子囊菌亚门
(1)引起病害
外囊菌属引起桃缩叶病；白粉菌类能引起多种植物的白粉病；黑腐皮壳属引起苹果树腐烂病；黑星菌属引起梨黑星病；链核盘菌属引起桃褐腐病。另外该亚门真菌还能引起葡萄黑痘病,瓜类蔓枯病,多种果树、花木煤污病,蔬菜菌核病等。
(2)病害特点
引起植物茎、叶、果实坏死性斑点或少数根部出现腐烂及瘤肿等病状,也有的枝、叶形成丛枝、缩叶。病部出现白色粉状物、霉状物、小黑粒、绵絮状物、菌核等病征。
(3)治疗用药
黑星病、白粉病：唑类、多抗霉素等。
4、担子菌亚门
(1)引起病害及特点
黑粉菌能引起多种植物黑粉病,病部出现大量黑色粉状物；锈菌能引起多种植物锈病,病部产生黄色或褐色粉状物。另外本亚门真菌还能引起花生紫纹羽病、柑桔膏药病、杜鹃饼病等。
(2)治疗用药
锈病、黑粉病：唑类、多抗霉素等。
5、半知菌亚门
(1)引起病害
粉孢属引起月季白粉病；轮枝菌属引起多种植物黄萎病；葡萄孢属引起多种植物灰霉病；链格孢属引起多种植物黑斑病、叶斑病；镰孢属引起瓜类枯萎病；痂圆孢属引起葡萄黑痘病、柑橘疮痂病、茄科蔬菜疮痂病、柚疮痂病、花生疮痂病、辣椒疮痂病等,但马铃薯疮痂病、番茄疮痂病不属于此类,它是由细菌引起的。炭疽菌属引起多种植物炭疽病；大茎点霉属引起苹果、梨轮纹病；拟茎点霉属引起茄子褐纹病。
(2)病害特点
病状类型主要包括斑点、腐烂、立枯、炭疽、萎蔫和畸形等；病征类型主要是在病部产生白粉、霉层、菌核、小颗粒状物等。
(3)治疗用药
灰霉用药：异菌脲、甲托、乙霉威、嘧霉胺、菌核净等；斑点、褐斑病、褐纹病、叶斑病、炭疽病、早疫：甲托、异菌脲、唑类、多抗霉素、咪鲜胺、福美双等；枯萎病、黄萎病、立枯病、茎基腐、根腐病：甲托、多菌灵、恶霉灵、铜制剂、适乐时、甲霜灵等。
1、低等真菌
大多生长在水中或土壤中,主要病害有猝倒病、根腐病、霜霉病、白锈病、疫病、绵疫病等。一般在低温(15-20摄氏度)潮湿的春秋两季发病较多。
2、高等真菌
主要病害有赤霉病、白粉病、炭疽病、叶斑病、黑斑病等。如：麦类赤霉病；花生黑斑病；葡萄、苹果、桃、瓜类、麦类、豆类、甜菜白粉病；棉花、豆类、瓜类炭疽病；苹果、梨黑星病；桃、杏缩叶病；瓜类蔓枯病；葡萄黑腐病、房枯病；苹果轮纹病、黑腐病、腐烂病、干腐病；葱叶枯病；茄子褐纹病等。病害以点发生为多,受害部位有较明显的边缘,而形成一定形状的病斑。
3、最高等真菌
引起的病害主要有黑粉病、锈病、纹枯病和立枯病等。如：禾谷类作物的黑粉病、腥黑粉病、粒黑粉病、叶黑粉病,梨、桃、苹果、葡萄、豆类、花生、葱、向日葵锈病,棉花、茄子立枯病。一般只引起局部侵染,形成点发性症状。