新烟碱类杀虫剂存在的主要问题是抗性以及对蜂群的不利影响。
    新烟碱类杀虫剂的抗性问题普遍存在。 
    据报道，西班牙1993年开始用吡虫啉防治温室和大田蔬菜害虫。1996年，该国南部的木薯粉虱就产生了20-25倍的抗性。1995年美国密歇根州用吡虫啉防治的马铃薯叶甲，1995年80%以上面积采用，1996年接近90%。结果显示，1996年6-7月，田间马铃薯叶甲成虫已对吡虫啉产生了3.8-4.5倍的抗性。中国1997年就有反映田间褐飞虱种群对吡虫啉产生了3-13倍的抗性，2005年，吡虫啉在防治褐飞虱使用9年之后，大面积地产生了高度抗药性。
    下图为2005年10月褐飞虱对吡虫啉抗性监测结果：

    南京农大研究表明：自从2005年10-11月褐飞虱对新烟碱类的吡虫啉产生极高水平抗性(277～811倍)以来，抗性水平一直仍处于高水平-极高水平抗性阶段，其中，2008年我国8省13地褐飞虱种群的抗性仍高达210～382倍。褐飞虱对其他的新烟碱类药剂噻虫嗪、烯啶虫胺和呋虫胺的抗性水平分别为2～16、0．7～4．8和0.6～3倍。
    下图为褐飞虱抗药性增长的过程图：

    日本于1995年12月，用啶虫脒防治小菜蛾，1999年6月，主要蔬菜产区的小菜蛾种群也对啶虫脒产生了4.5-9.0倍的明显抗性。
    抗性监测结果显示：田间烟粉虱和马铃薯甲虫等害虫种群对噻虫嗪产生了严重抗性，2001年德国烟粉虱种群对噻虫嗪的抗性达到1284倍。
    除了抗性问题外，新烟碱类杀虫剂还有另一个需要关注的问题，那就是新烟碱类杀虫剂对蜂群的影响。目前烟碱类杀虫剂对蜜蜂等传粉昆虫的危害，已经越来越引起世界范围的关注，世界多个国家和组织都已经开始采取行动。
    欧洲食品安全局（EFSA）发表公告称，将重新设定噻虫嗪、吡虫啉、啶虫脒、噻虫啉等农药的毒性判定标准。法国农业部农业部取消了先正达种子处理剂Cruiser OSR（噻虫嗪+咯菌腈+甲霜灵-M）的登记，正式签署禁令，禁止法国使用杀虫剂噻虫嗪处理油菜种子，并再次敦促欧盟范围全面禁止该原药。加拿大虫害防治管理机构（PMRA）将对三种烟碱类杀虫剂噻虫胺、噻虫嗪和吡虫啉的环境风险进行重新评审。美国环保署早在2009年就开始公开对六个新烟碱类杀虫剂进行复审。巴西环保署（IBAMA）也将重新评估四个新烟碱类杀虫剂，首当其冲的是拜耳的吡虫啉，而后将审查噻虫嗪、噻虫胺和氟虫腈三个杀虫剂。