中国农业科学院植物保护研究所创建于1957年8月，是以华北农业科学研究所植物病虫害系和农药系为基础，首批成立的中国农业科学院五个直属专业研究所之一，是专业从事农作物有害生物研究与防治的社会公益性国家级科学研究机构。其主要任务是以农业有害生物和农药为主要研究对象，研究和解决农业生产中植物保护的重大基础理论、应用基础和应用技术问题，促进科技成果的转化，开展国际植物保护科学技术的合作与交流，为农业生产、粮食安全、食品安全以及环境安全提供科技支撑。
    我所现设有植物病害、农业昆虫、农药、分子植病、有害生物天敌、农业有害生物监测预警、生物入侵、生物农药、杂草鼠害以及功能基因组与基因安全十个研究室，综合处、科研管理处、党办人事处、条件建设与财务管理处四个职能部门以及后勤服务中心、廊坊科研中试基地和农药中试厂三个支撑部门。科研创新平台体系健全，拥有植物病虫害生物学国家重点实验室、农业部农药化学与应用技术重点开放实验室、农业部生物防治重点开放实验室、农业部外来入侵生物预防与控制中心、农业部植物病虫害抗性监督检验测试中心（北京）、农业部转基因植物环境安全检测检验测试中心(北方)、农业部廊坊有害生物防治重点野外科学观测试验站、农业部锡林格勒草原有害生物防治野外试验站、MOA-CABI作物生物安全联合实验室、中美合作生物防治实验室、中国农业科学院杂草鼠害生物学与综合治理重点开放实验室等国家或部门重点实验室（中心），中国植物保护学会以及中国植物保护标本馆等机构也依托本所建立。
    我所现有在职职工210人，其中高级技术职称人员106人、中级技术职称人员49人，具有博士学位人员113人。科技人员中有中国工程院院士1人，国家杰出青年科学基金获得者1人，国家级和农业部有突出贡献的中青年专家6人，国家“973”项目首席科学家2人，中国农业科学院一级岗位杰出人才3人、二级岗位杰出人才4人，中国农业科学院优秀创新团队首席科学家1人，重点创新团队首席科学家7人。已形成一支以院士为龙头、高级专家为主体，在国内外具有较高影响的高层次专业技术人才队伍。青年优秀科技人才贮备丰厚， 40岁以下的科技人员已达到70名，其中，有27名是国家或省部级项目主持人， 14名主持有国家自然科学基金。研究所设有植物病理学、农业昆虫学、农药学、杂草科学、农业微生物学、病虫测报和生物安全博士学位授予点，拥有植物保护学博士后流动站，博士生导师34人，硕士生导师69人，在册研究生500余人。
    我所长期主持和承担全国性重大植物保护科研项目，积极组织多学科协作。目前主持130多项国内外重要科学研究项目，主要包括国家重点基础研究发展计划（973计划）项目、国家高技术研究发展计划（863计划）项目、国家重点科技攻关项目、国家自然科学基金项目、国家和省部级专项以及国际合作项目等。编写出版了《中国农作物病虫害》、《作物卫士》和《棉铃虫研究》等科学专著和科普书刊逾百部，发表科技论文4000余篇，其中，吴孔明研究团队分别游2篇科技论文在SCIENCE上发表。获得科研成果奖240多项，其中包括国家自然科学奖2项、国家发明奖2项、国家科技进步奖33项和省部级奖200余项，部分成果达到国际先进水平，其中“中国小麦条锈病的流行体系”获国家自然科学奖二等奖，“粘虫越冬迁飞规律研究” 获国家自然科学奖三等奖，“棉花抗枯萎病高产新品种86-1号”获国家发明二等奖，“应用基因工程技术创造抗黄矮病毒转基因小麦新种质” 和“转基因抗虫棉使北方农作物免受虫害”分别被评为1995年度全国十大科技和2008年中国十大科技进展新闻之一。
    我所十分注重国内外合作与交流。2006年以来， 我所新增国际合作项目40项，并围绕国际合作项目的争取和实施，有重点的邀请和引进国际一流专家近350人次来所访问、讲习和进行客座研究；已主办、承办或协办国际会议9次，国际培训班4次，派遣参加国际学术会议或合作研究320余人次，接待外宾来访400人次以上，主办、承办或协办全国性学术会议50多次。
    在1992年和1996年由农业部组织的对全国农业科研机构综合实力评估中我所两次名列第一，1996年被评为“八五”全国农业基础研究十强研究所。依托我所组建的植物病虫害生物学国家重点实验室在1996年、2001年和2006年由国家计委和科委委托国家自然科学基金委员会组织的国家重点和部门开放实验室统一评估中均取得了良好成绩，农业部农药化学与应用技术重点开放实验室在2002年和2006年农业部组织的部门实验室评估中均获优秀等级。
    随着人才队伍的不断壮大、科研工作的不断深入、科研条件的不断改善、国际交往的不断发展，植物保护研究所必将成为专业结构更加合理、科研实力更加雄厚、研究成绩更加显著的国家级植物保护研究机构，为中国农业生产做出新的更大贡献。