小麦苗期的病害主要有小麦锈病、纹枯病、全蚀病等；虫害有地下害虫、蚜虫。其防治方法如下。

    锈病：小麦出苗后15--25天，进行麦田调查，当病叶率达到10%，且秋季气温偏高，雨水偏多时，立即每亩用12.5%禾果利可湿性粉剂15--20克或15%粉锈宁可湿性粉剂75克对水50公斤进行喷雾，发现一株防一片，发现一片防一块。

    纹枯病：小麦纹枯病苗期的症状主要表现在地下部分，出苗后危害小麦的地下茎，出现褐色病斑，或椭圆形病斑，并向上发展，可每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂75克或20%井冈霉素40克对水50公斤顺垄喷施。

    全蚀病：小麦全蚀病病原菌在小麦苗期即能浸染，出苗后20--30天是浸染病高峰期。对于有小麦全蚀病的地块，每亩用12.5%禾果利可湿性粉剂15--20克或20%粉锈宁乳油120--200毫升对水40--50公斤，顺麦垄喷洒幼苗，能显著降低小麦穗期的发病率。

    麦蚜：蚜虫除能直接危害造成小麦减产外，还能传播病毒。当蚜株率超过5%，百株蚜量10头左右时，应进行药剂防治。每亩用蚜虱净25毫升或大功臣20克或吡虫啉20克对水40~50公斤，顺麦垄喷雾，效果可达98%，并能兼治小麦红蜘蛛。

    地下害虫：苗期为害小麦的地下害虫主要有蝼蛄、蛴螬、金针虫三种。蝼蛄为害，将麦苗嫩茎咬成乱麻状，断口不整齐；蛴螬为害，将麦苗根茎处咬断，断口整齐；金针虫则钻食麦茎嫩心，被害部呈乱麻状，但外皮仍连在一起。

    小麦出苗后，对有地下害虫为害的地块立即施药防治。撒毒土 每亩用5%辛硫磷颗粒剂2公斤，或3%辛硫磷颗粒剂3～4公斤，或2%甲基异柳磷粉剂2公斤，对细土30～40公斤，拌匀后开沟施，或顺垄撒施后接着划锄覆土，可有效防治蛴螬、金针虫和小麦吸浆虫的危害。浇药水 ：每亩用40%甲基异柳磷或50%辛硫磷乳油0.5公斤，对水60--75公斤，顺垄浇施，对蛴螬和金针虫有特效；撒毒饵 ：用麦麸或饼粉5公斤，炒香后加入适量水和40%甲基异柳磷或50%1605乳油50克，拌匀后于傍晚撒在田间，每亩2～3公斤，对蝼蛄的防治效果可达90%以上。或每亩用90%晶体敌百虫75克，先用温水将其化开，再加水至1.5公斤配成药液喷拌在10公斤已粉碎炒香的花生饼或菜子饼上，闷5小时，制成毒饼。用耧将毒饵串施于麦田。此法灭虫保苗效果可达95%。