酰胺类除草剂存在的主要问题：

1.药剂自身的毒性问题

    主要是产量和影响最大的氯乙酰胺类除草剂存在毒性问题，最关键的问题是对水质的污染和内分泌干扰等问题。在欧盟禁用农药清单中包括酰胺类除草剂有丁草胺、乙草胺、甲草胺、敌草胺等（干扰人类内源激素，对人有影响）。美国对丁草胺、乙草胺、异丙甲草胺也有极为严格的管理，例如对异丙甲草胺曾一度停止使用，要求生产厂方提供新的数据。

2.三废问题

    在我国，酰胺类除草剂（尤其是氯乙酰胺类）的三废问题一直是人们关注的问题。为此鼓励采用甲叉法生产乙草胺、甲草胺等，以减少废水排放量。并要求企业综合利用生产过程中产生的碱性废水和酸性废水，确保不产生二次污染。2003年在国家环保部组织下，我国开始制订十类农药废水的排放标准（这十类农药包括：杂环类、酰胺类、有机硫类、苯氧羧酸类、菊酯类、磺酰脲类、有机磷类、氨基甲酸酯类、生物类、有机氯类）。

3.药害问题

    酰胺类除草剂对作物存在着隐性药害，特别是用药量过大，或施药后遇持续低温高湿天气时，可能会严重影响作物的生长。

4.每亩有效成分用量偏高

    酰胺类除草剂每亩用量比磺酰脲类高出几十到上百倍，这就导致除了耕地要承载较多的化学物质（除草剂)外，合成酰胺类低活性产品耗费的中间体数量和成本要高得多，这也是近几年酰胺类等常规产品出现萎缩趋势的原因之一。

5.抗性问题

    连续多年使用杂草群落发生恶性演变，耐药杂草逐步发展成优势种群，使酰胺类除草剂防效下降,使用剂量增加。